安倍昌浩--十三岁的半吊子阴阳师(原因是在其小时候被安培晴明封印了力量)，到13岁才行元服之礼。在晴明的子孙中，是继承了最浓厚天狐之血并作为晴明唯一承认的继承者，其实力得到了众神的认可，但本人却茫然不知。个性好强，讨厌别人提起自己是"那个晴明的孙子!" 为了成为"最伟大的阴阳师"，昌浩及其同伴小怪(由晴明式神的十二神将腾蛇幻化而成的魔物)一同展开了修行……

大内发生了火灾的同时，在左大臣的东三条殿也遭到异形的袭击。迄今为止从未察觉到的妖气，不断释放出危险气息逼近的正是来自遥远的西方大陆的妖怪，他们为了给负伤的妖主--穷奇治疗，瞄上了拥有极其强大灵力的左大臣之女--彰子姬……

打败了穷奇，救下了彰子的昌浩，在忍受着误以为昌浩不认真工作的前辈阴阳生--藤原敏次所带来的不快的同时，继续工作。不久，平时颇为照顾昌浩的藤原行成突然遭到恶灵袭击，身染重病，生命垂危。此后，京都内发生了一连串怨灵作乱事件。彷徨四窜的灵，突然兴起的百鬼夜行。这一切事件的发生，都是由不断袭击晴明的女术师--风音所操纵……

用自己的生命换回红莲的昌浩，靠其去世的祖母--若菜的祈愿，奇迹般地得以重返人世。但是，作为复活的代价，他的见鬼之力就此丧失。在失去阴阳师重要的灵力的昌浩面前，出现了新的敌人……在代替彰子入宫的中宫章子身边，有神秘的黑影悄悄接近。此时，晴明天命之时也开始临近……