早在司马迁撰写《史记》时，汉武帝翻阅《孝景本纪第十一》和《今上本纪第十二》后，认为司马迁的叙述有意贬损自己，不禁大怒，命人削去了书简上的字，并把这些书简扔掉了，可见当时汉武帝对司马迁已经不满。但是，中国传统尊重和重视史家的历史写作权，即使是皇帝亦不能任意莽为，否则日后在历史上会被史家批评，甚至加多负面几笔，所以，有点不了了之。

汉武帝时，将军李陵带着部队深入到匈奴的国境，由于他勇猛善战，士兵们斗志高昂，因此也所向无敌，打得匈奴合境震动，当捷报传入朝廷时，皇帝心里很高兴。这时，许多大臣都祝贺皇帝英明，善于用人。后来李陵战败投降，武帝非常生气，原来祝贺的大臣也就反过来责骂李陵无用和不忠。这时司马迁站在旁边一声不响，武帝便问他对此事的意见，司马迁认为李陵不是真投降，而是在伺机报国。

武帝听他为李陵辩护，又讽刺皇上近亲李广利从正面进攻匈奴的庸懦无功，怒将司马迁下狱。次年，又误传李陵为匈奴练兵，武帝就把李陵的母亲和妻子杀了。廷尉杜周为了迎合皇帝，诬陷司马迁有诬蔑皇帝之罪，竟把司马迁施予最耻辱的「腐刑」。

司马迁受到了这种摧残，痛苦之余，就想自杀；但转念一想，像他这样死去，不但得不到同情，而且还会惹来耻笑。于是决定忍辱负众，用自己的生命和时间来艰苦地顽强地完成伟大的《史记》作品，此书名扬后世，留金石之功。