未确认生命体关联事件结束后13年，一条薰任职于警视厅公安部外事第三课，然而古朗基的事件远未结束。一条薰受警视厅搜查一课特殊犯搜查第四系系长杉田守道之邀，与杉田的部下夏目实加一同调查最近频频发生的离奇死亡现象。随着调查的深入，一条薰和夏目实加发现死者之间存在着某种规律，这像极了13年前的古朗基杀人游戏，古朗基重新复活的阴影笼罩在众人的心头。可是曾经的假面骑士空我也开始以未确认生命体2号的身份出现了，难道失踪已久的五代雄介将要回归？